rgbif 是來自 rOpenSci 的一個 R 語言套件,可以用於從 GBIF 中 搜尋和檢索 資料。 rgbif 將 R 語法包在 GBIF API ,以便你可以透過 R 語言存取 GBIF 中介資料、物種名稱和出現次數。
安裝 R 套件只需簡單執行:
> install.packages("rgbif")
當安裝成功後, 你可以使用 rgbif 執行
rgbif 教學 裡面有完整的功能詳述。 rgbif 套件也是 SPOCC Species Occurrence Data 套件的一部分,該套件提供對多個資料庫中的出現記錄資料的存取。
引用 rgbif 檢索的資料
註: GBIF 建議使用 衍生資料集 來引用經由同步 API 所取得的資料。如使用 rgbif 套件中 occ_data() 和 occ_search 的資料 ()。
使用occ_download() 路徑獲取的資料,可以使用*gbif_itation()*來檢索DOI。
rgbif 資料庫包含一個函數 gbif_itation(),可協助你正確引用從 GBIF 下載的資料。 使用時,只需傳送一組出現紀錄資料索引、資料集索引或 occ_download_get 函數的回傳結果即可。
範例:
編寫包含資料集摘要的 CSV 文件,以便與衍生資料集工具一起使用
> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE)
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")
取得單一出現紀錄資料的引用,並將出現紀錄資料索引當成引數傳遞。
> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
Citation: iNaturalist.org (2017). iNaturalist Research-grade Observations.
Occurrence Dataset https://doi.org/10.15468/ab3s5x accessed via
GBIF.org on 2017-10-25.. Accessed from R via rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-25
Rights:
取得單一資料集的引用,並將資料集索引當成引數傳遞。
> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
Citation: Moeslund J E (2016). Vegetation data from protected areas in
Denmark (§ 3 in the Danish Nature Protection Act). Version 8.1.
奧胡斯大學,生物科學系 Occurrence Dataset
https://doi.org/10.15468/ar7pbr accessed via GBIF.org on 2017-10-25..
Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on
2017-10-25
Rights:
取得非同步下載的引用,並將結果當成引數傳遞給 occ_download_get 函數:
> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Download file size: 0.26 MB
On disk at /tmp/0005737-171002173027117.zip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...
此回應會包含對貢獻資料集的單獨引用,但是上述具 DOI 的引用會包括對每個資料集的參照,以及下載中包含哪些特定出現資料的資訊。
取得下載資料的引用,並將結果當成引數傳遞給 occ_download_meta 函數
> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...