Les données accessibles via le réseau GBIF sont gratuites pour tous, mais pas exemptes d'obligations. Aux termes du GBIF data user agreement, les utilisateurs qui téléchargent des jeux de données individuels ou des résultats de recherche et les utilisent dans la recherche ou la politique acceptent de les citer en utilisant un DOI, ou Digital Object Identifier (litéralement « identifiant numérique d’objet »).
Les bonnes pratiques de citation assurent la transparence et la reproductibilité scientifique en guidant d'autres chercheurs vers les sources originales de l'information. Ils récompensent également les institutions qui publient les données ainsi que les particuliers en renforçant la valeur du partage de données ouvertes et en démontrant son impact auprès de leurs parties prenantes et de leurs bailleurs de fonds. Les jeux de données publiés via le GBIF sont des publications de données électroniques et doivent donc être traités comme des résultats de recherche de première classe et correctement cités.
Bien que tous les exemples de citations ci-dessous soient formatés dans le style Harvard, veuillez les adapter au format de style requis par votre institution, votre éditeur ou votre agence. Cependant, veuillez inclure chaque élément de contenu — le plus important est le DOI exprimé en tant qu'URL.
Citation des données
- Téléchargements de données d'occurrence
- Jeux de données individuels
- Pages d'espèces
- Jeux de données dérivés
- Données d'occurrence obtenues à l'aide d'outils tiers (ex: rgbif, pygbif, spocc, dismo, etc.)
- Données d'occurrence accessibles via l'API de recherche d'occurrences GBIF
- Données d'occurrence accédées dans un environnement informatique cloud
Citer le contenu autre que des données
Téléchargements de données d'occurrence
Lors du téléchargement de données depuis GBIF.org, un utilisateur enregistré est immédiatement redirigé vers une page qui inclut les informations suivantes :
Cette citation apparaît à nouveau dans l'e-mail de confirmation envoyé à l'utilisateur enregistré. Gardez cette référence à portée de main afin que vous puissiez la citer. Les détails des téléchargements précédents peuvent toujours être consultés dans la list of downloads de l'utilisateur enregistré. Veuillez contacter GBIF si vous avez besoin d'aide pour trouver un téléchargement précédent.
La page de téléchargement fournit une liste de tous les jeux de données contribuant ainsi qu'un instantané de tous les termes de recherche, des filtres et des facettes. Les utilisateurs peuvent rapidement mettre à jour les résultats de recherche à partir de la page de téléchargement et verront également des liens vers toutes les citations une fois qu'elles seront reprises dans le lierature tracking programme du GBIF (for example).
Citation des téléchargements filtrés
Si vous avez filtré les données téléchargées de manière significative, vous pouvez créer un derived dataset pour ne citer que les enregistrements utilisés dans l'analyse en aval. Cela nécessite que vous conserviez la colonne datasetKey lors des étapes de filtrage.
Citer des téléchargements multiples
Si vous avez utilisé des téléchargements multiples, il se peut que vous ne puissiez pas inclure toutes les citations dans la liste de référence de votre article. Dans ce cas, nous vous recommandons d'inclure une liste supplémentaire ou un addendum de tous les téléchargements utilisés. Vous pouvez également choisir de résumer les données combinées en utilisant un derived dataset. Notez que le système de téléchargement GBIF autorise plusieurs taxons (up to 100 000) en une seule demande de téléchargement.
Jeux de données individuels
La plupart des téléchargements à partir de GBIF.org contiennent des enregistrements de plusieurs jeux de données (comme ci-dessus), mais dans certains cas, comme dans des rapports internes ou dans la publication anticipée d'un jeu de données pour la recherche, les utilisateurs peuvent vouloir ou avoir besoin de citer un seul jeu de données, comme indiqué dans this example:
Rivas Pava M D P, Muñoz Lara D G, Ruiz Camayo M A, Fernández Trujillo L F, Muñoz Castro F A, Pérez Muñoz N (2017). Colección Mastozoológica del Museo de Historia Natural de la Universidad del Cauca. Version 1.1. Universidad del Cauca. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/ciasei accessed via GBIF.org on 2020-03-02.
Notez que les jeux de données peuvent changer au fil du temps, même les téléchargements de jeux de données uniques sont assignés de nouveaux DOI uniques qui doivent être utilisés dans les citations. Si pertinent, cela peut être fait en combinaison avec la référence du jeu de données d'origine, par exemple :
Telenius A, Jonsson C (2017). Molluscs of the Gothenburg Natural History Museum (GNM). GBIF-Sweden. Occurrence download https://doi.org/10.15468/dl.f14yjv accessed via GBIF.org on 2020-03-02.
Pages d'espèces
Chaque page d'espèce inclut une citation par défaut, for example:
GBIF Secretariat: GBIF Backbone Taxonomy. https://doi.org/10.15468/39omei Accessed via https://www.gbif.org/species/5284517
[13 January 2020]
Remarque : Si vous faites des assertions à propos de la distribution d'un taxon donné, envisagez de faire un téléchargement des occurrences. Cela assurera une capture horodatée et persistante de données avec un DOI qui peut être cité de la même manière que les téléchargements de données d'occurrence.
Jeux de données dérivés
Derived datasets sont des enregistrements qui peuvent être référencés de données d'occurrence dérivées du GBIF à partir :
- d'un téléchargement de GBIF.org qui a été filtré/réduit de manière significative, ou
- de données accédées dans un cloud computing environment, ou
- des données obtenues par tout moyen pour lequel aucun DOI n'a été attribué, mais où un est requis (par exemple, des outils tiers accédant à l'API de recherche du GBIF)
Lorsqu'il est créé, un jeu de données dérivé est assigné d'un DOI unique qui peut être utilisé pour citer les données. Pour create a derived dataset vous devrez vous authentifier en utilisant un compte GBIF.org et fournir une liste des jeux de données du GBIF (par DOI ou par datasetKey) de laquelle les données sont originaires, idéalement avec le nombre d'enregistrements que chaque jeu de données a contribué.
Les données du GBIF accédées à l'aide d'outils tiers (ex: rgbif, pygbif, spocc, dismo, etc.)
Accéder aux données d'occurrence du GBIF via R, Python et d'autres langages de programmation est rapide et facile. Il est néanmoins important de toujours garder à l'esprit que les exigences de citation du GBIF data user agreement s'appliquent toujours.
Pour la plupart des utilisateurs, obtenir des données d'occurrence en utilisant la fonction occ_download() du paquet rgbif est fortement recommandé car cela garantit que les téléchargements sont assignés de DOIs pour une citation facile.
Les outils qui produisent des résulats directement à partir du GBIF (p.ex.. spocc, dismo et le occ_data() et les fonctions occ_search() de rgbif) ne seront pas assignés de DOIs individuels pour les données téléchargées. Il appartient à l'utilisateur d'identifier les éditeurs de jeux de données et de reconnaître correctement chacun d'eux lors de la citation des données.
Pour les données obtenues via les outils basés sur l'API de recherche d'occurrences, nous vous recommandons d'utiliser un derived dataset comme moyen facile d'obtenir un DOI pour citer les données. Le site de documentation rOpenSci fournit des instructions on how to cite GBIF-mediated data dans rgbif.
Environnements Cloud
Le GBIF met à disposition des instantanés mensuels de données d'occurrence à des fins d'analyse dans un certain nombre d'environnements informatiques dans le cloud :
Les utilisateurs qui accèdent et/ou analysent des données dans de tels environnements cloud doivent se référer aux instructions spécifiques fournies dans les dépôts de cloud computing. Au minimum, inclure le DOI de la capture instantanée appropriée (voir table) dans la citation. Pour les analyses où les données ont été filtrées de manière significative, veuillez suivre les datasetKeys qui ont été utilisés et utilisez un derived dataset pour citer les données.
Citer le contenu GBIF autre que des données
GBIF.org
Ceux qui souhaitent citer le site Web du GBIF en général peuvent utiliser l'exemple suivant :
GBIF.org (year), GBIF Home Page. Available from: https://www.gbif.org
[13 January 2020].
Contenu rédigé par GBIF.org (page web)
De manière similaire, les utilisateurs peuvent citer des pages qui ne sont pas des données sur le site du GBIF comme par exemple :
GBIF.org (year) Citation guidelines. Available from https://www.gbif.org/citation-guidelines
[13 January 2020].
Remarque : cette approche n'est pas une alternative acceptée pour citer les téléchargements de données.
GBIF en tant qu'infrastructure/entité
Nous recommandons que ceux qui souhaitent citer le GBIF dans un contexte plus large et plus général utilisent la citation suivante :
GBIF: The Global Biodiversity Information Facility (year) What is GBIF?. Available from https://www.gbif.org/what-is-gbif
[13 January 2020].