rgbif是一个出自rOpenSci的R包,其允许从GBIF搜索和检索数据。 rgbif围绕GBIF API封装R代码,允许您通过R与GBIF对话并获取元数据、物种名称和发生记录。
在R中安装这个包很简单:
> install.packages("rgbif")
安装后,rgbif可让您轻松地
rgbif教程中描述了完整的功能。 rgbif包也是SPOCC物种发生记录数据套件的一部分,该套件提供对出自多个数据库的发生记录的获取。
引用通过rgbif检索的数据
注意:GBIF推荐使用一个衍生数据集来引用使用同步API调用获得的数据,就像rgbif在*occ_data()和occ_search()*中使用的那样。
对于使用*occ_download()路径获得的数据,可以使用gbif_citation()*来检索DOI。
rgbif库包含一个函数,gbif_citation(),它会帮助您正确地引用从GBIF下载的数据。 要使用,只需将一个单个发生记录键、一个数据集键或调用结果传递给occ_download_get函数。
示例:
写入CSV文件,其中包含要与衍生数据集工具一起使用的数据集摘要
> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE)
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")
获取一个单个发生记录的引用,将发生记录键作为一个参数传递
> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
Citation: iNaturalist.org (2017). iNaturalist Research-grade Observations.
Occurrence Dataset https://doi.org/10.15468/ab3s5x accessed via
GBIF.org on 2017-10-25.. Accessed from R via rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-25
Rights:
获取一个数据集引用,将数据集键作为一个参数传递
> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
Citation: Moeslund J E (2016). Vegetation data from protected areas in
Denmark (§ 3 in the Danish Nature Protection Act). Version 8.1.
Department of Bioscience, Aarhus University. Occurrence Dataset
https://doi.org/10.15468/ar7pbr accessed via GBIF.org on 2017-10-25..
Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on
2017-10-25
Rights:
获取异步下载的引用,将调用结果传递给occ_download_get函数:
> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Download file size: 0.26 MB
On disk at /tmp/0005737-171002173027117.zip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...
这种响应还会包括对贡献数据集的单独引用,然而,包含DOI的上述引用会包括对这些中的每一个的引用,包括关于下载中包括的具体发生记录的信息。
获取下载引用,将调用结果传递给occ_download_meta函数:
> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...