Створена в Бельгії система оповіщення GBIF перемагає на Ebbe Nielsen Challenge 2023

Система сповіщень про знахідки видів лідирує. Удосконалення Frictionless Data для Bionomia зайняло друге місце, а третє місце розділили між собою Library Identification Resources та Open Data Biodiversity Mapper >

Ebbe-2023
Illustration of a Japanese horseshoe crab Tachypleus tridentatus(Leach, 1819) from Fauna japonica v.1 Crustacea (1823-1830) via Biodiversity Heritage Library, no rights reserved under CC0.

GBIF Alert, гнучка опен-сорс система для сповіщення користувачів про доступність нових записів про знахідки за допомогою GBIF, отримала перше місце у конкурсі GBIF Ebbe Nielsen Challenge 2023.

Члени бельгійської команди, відповідальні за GBIF Alert, на чолі з Ніколасом Ное з The Binary Forest, не чужі для спільноти GBIF та подіуму переможців цього змагання. Ное був частиною команди з трьох осіб, яка виграла приз Challenge у 2015 році разом із Пітером Десметом з Науково-дослідного інституту природи та лісу (INBO), який знову приєднався до нього. Лієн Рейзергоув і Даміано Олдоні з INBO також співпрацювали з Десметом і отримали спільне перше місце в 2018 році. Колеги з INBO Тім Адріаенс і Брем Д’Ондт завершують список членів команди-переможця цього року.

Проект Frictionless Data from Bionomia, поданий Девідом Шортхаусом, отримав другу нагороду за нову функцію експорту, яка підтримує постійне покращення якості даних для записів зразків із наукових колекцій. Два проекти, які поділять третє місце, завершують список переможців 2023 року:

  • Library of Identification Resources представлений Ларсом Віллігагеном з Нідерландів
  • Open Data Biodiversity Mapper, створений групою з трьох осіб з Норвезького університету науки і технологій (NTNU) під керівництвом Сема Перріна

Журі на чолі з Біргітте Гемайнхолцер, професором ботаніки Університету Касселя та нинішнім головою Наукового комітету GBIF, обрав переможців цьогорічного конкурсу з групи з 12 кваліфікованих заявок. Ця щорічна заохочувальна премія вшановує пам’ять доктора Еббе Шмідта Нільсена, датсько-австралійського ентомолога, який був одним із головних засновників GBIF і натхненником та лідером у спільноті інформатики щодо біосистематики та біорізноманіття.

З річного призового фонду в розмірі 20 000 євро команда, яка займе перше місце отримає 8 000 євро. 6 000 євро передбачено за друге місце та 3 000 євро - для переможців, які посядуть третє місце.

Переможці 2023 GBIF Ebbe Nielsen Challenge

Перше місце
GBIF Alert: an open-source GBIF-based alert system for occurrences

Цей опен-сорс інструмент демонструє, як використовувати GBIF.org в якості системи оповіщення користувачів про нові доступні записи знахідок для будь-якого виду або тематики. Хоча його можна розгорнути і налаштувати для генерації оповіщень для будь-якої комбінації конкретних таксонів, районі або вихідних датасетів, швидше за все, система використовуватиметься з фокусом на управлінні інвазивним видами (IAS).

Менеджери довкілля та політичні діячі, відповідальні за моніторинг поширення IAS потребують швидкого доступу до інформації про появу нових осередків проблемних видів, як у вже відомих районах так і в нових. GBIF Alert може тримати їх в курсі справ про нові (або нові для GBIF) записи про види, що перебувають в полі їх уваги, надсилаючи сповіщення по електронній пошті, які можна налаштувати за допомогою простого інтуїтивного інтерфейсу користувача. Зокрема, демо, яке було надіслано для участі у конкурсі налаштоване контролювати індекс GBIF для нових записів про інвазивні види у Північній Америці.

"GBIF Alert виник безпосередньо з досвіду розробки Life RIPARIAS, опен-сорс система ранніх оповіщень GBIF, і націлений на ранні оповіщення про виявлення деяких інвазивних ріпарійних рослин та річкових раків в частинах Бельгії. Після того, як ми зрозуміли, що більш гнучка, менш складно кодована конфігурація програми стане в нагоді багатьом іншим командам по всьому світу, просто було неправильно тримати цю думку в собі, тому ми доклали попрацювали ще трохи". сказав Ное. “Наше радість і подив, що ми виграли перший приз дали нам поштовх, який ми будемо вкладати в розробку інших інструментів інформатики біорізноманіття в тому ж дусі з відкритим кодом, і ми хотіли б побачити GBIF Alert вбудованим безпосередньо в GBIF.org."

відео | GitHub |
GBIF Alert для США</2> інвазивних видів

Друге місце
Frictionless Data from Bionomia

Ця аплікація, підготовлена канадським інформатиком з питань біорізноманіття Девідом Шортхаусом, зайняла друге місце в конкурсі 2023 року. Bionomia, платформа, яку він вперше випустив п'ять років тому, використовує постійні ідентифікатори від ORCID та Wikidata для того, щоб дозволити волонтерам додавати анотації до записів про зразки у GBIF.org, уточнюючи приналежність їх окремим колекціонерам або ідентифікаторам. У процесі, ця платформа викликала більш широку дискусію щодо потреби кращого визнання та винагороди за знання, які необхідні для збору, утримання, оцифровування і впорядкування даних про наукові колекції світу.

Аплікація Шортхауса від 2023 року пропонує нову функцію, яка автоматично підготовляє Frictionless Data Packages для атрибутів колектор та ідентифікатор в Bionomia для кожного датасету. Опираючись на простий і зручний формат, вона полегшує менеджерам колекцій роботу з імпортом атрибутів Bionomia в локальну систему управління колекціями і передає нещодавно оновлені та покращені записи, створюючи неперервний цикл покращення якості даних.

Вибір журі щодо Bionomia підкреслює значення створення нової функціональності в існуючих інструментах. Окрім, менеджери даних, які наразі покращують якість даних у своїх колекціях за допомогою Bionomia, поділяться презентаціями та уроками, отриманими 6 грудня 2023 року за час пів-денного віртуального воркшопу з приводу раундтріппінгу, для якого зараз відкрита реєстрація.

"Ці нові результати допомагають продемонструвати інституційну цінність Bionomia та пропонують позитивну віддачу від інвестицій у оцифрування та транскрипцію зразків", — відмітив Шортхаус. "Постійні унікальні ідентифікатори для людей можуть здатися легкими елементами, які успадковують, але вони служать паспортами в доведенні, мікроісторіями та емоційними потоками, які пов'язують людей, які заклали основи наших природничих колекцій, зі їх мережами підтримки, з тим, що вони збирали, де вони були, і нашою спільною планетою. Я сподіваюся, що всі колекції, які поширюють дані в GBIF зможуть використовувати сервіс Bionomia, щоб зміцнити власні локальні мережі."

відео | GitHub

Третє місце
Library of Identification Resources

Ця веб-платформа, розроблена біологом і програмістом Ларсом Віллігагеном, об’єднує дві веб-служби, які спрямовують громадська дослідників до відповідних таксономічних ключів, щоб допомогти їм ідентифікувати організми, які вони можуть особисто спостерігати. Зараз Віллігаген навчається у магістратурі в Інституті біологічних і екологічних наук Радбуда (RIBES) Університету Радбуда в Неймегені, Нідерланди.

Машинозчитуваний каталог загальнодоступних таксономічних довідкових робіт, починаючи від простих ілюстрованих путівників і закінчуючи комплексними серійними публікаціями, надає першу базову послугу. Цей бібліографічний репозиторій містить метадані про референтні роботи та інформацію про їх класифікаційну та географічну приуроченість та повноту. Там, де це можливо, повний список імен, які з’являються в роботах, екстрагується та відображається у GBIF Backbone Taxonomy за допомогою GBIF API.

Користувачі підключаються до більш видимої другої служби, вводячи місце розташування та наукову назву спостереження, яке потребує ідентифікації. Результати пошуку надають потенційно релевантні довідкові публікації в каталозі та оцінюють, наскільки вони можуть бути корисними для перевірки ідентичності спостереження. Оцінки придатності покладаються на GBIF API, який складає контрольний список усіх видів, знайдених у місці географічної локації, який можна порівняти зі списками таксонів у публікаціях. Використання доступних даних оцінює зміни в розподілі видів за часом, враховуючи, що старіші ключі, орієнтовані на певні таксони з цільових регіонів, можуть стати непридатними, тоді як інші, обмежені іншими регіонами, стали придатними.

dsltj | Ресурси для польового визначення | Каталог | GitHub: Resource Search | GitHub: Catalog

Третє місце
Open Data Biodiversity Mapper

Прототип веб-додатка Shiny на основі R, створений Семом Перріном, Філіпом Стенлі Мостертом і Роном Тогуновим з NTNU, запускає конвеєр даних з відкритим вихідним кодом, який попередньо обробляє різні типи наборів даних, полегшуючи користувачам створення інтегрованих моделей розподілу видів (ISDM).

Цей підхід визнає, що, незважаючи на переваги стандартизації, опортуністичні спостереження громадських науковців, наприклад, суттєво відрізняються від записів, зібраних за допомогою складного протоколу для відбору проб чисельності. Зберігаючи деякі унікальні сильні сторони та характеристики контрастних методів збору в основних наборах даних і вміщуючи їх у єдину статистичну структуру, а не просто об’єднуючи записи та зводячи їх відмінності, Open Data Biodiversity Mapper покращує кінцеві візуалізації ISDM.

Інструмент наразі генерує карти інтенсивності поширення видів для чотирьох різних таксономічних груп у графстві Тьонделаг у центральній Норвегії, але команда вже розширює його функціонал для створення карт для всієї Норвегії. Незважаючи на те, що підхід ISDM призначений для того, щоб надати доступ до сценаріїв і покрокових інструкцій щодо їх використання для груп без необхідних навичок роботи з даними, він має дозволити користувачам із мінімальними знаннями GitHub, GBIF і R створювати локалізовані версії інструменту для інших цільових таксонів.

відео | GitHub

Журі 2023 Ebbe Nielsen Challenge